会社の清算手続きは一般的に下記のような流れになります。
（１）清算人の就任後遅滞なく行う財産目録及び貸借対照表の作成並びに株主総会における承認
清算人は、その就任後遅滞なく、清算会社の財産を調査し、法務省令（会社法施行規則１４４条・１４５条）で定めるところにより、清算会社となった日における財産目録及び貸借対照表を作成し、株主総会に提出してその承認を受けなければなりません（会社法４９２条１項・３項）
（２）債権者に対してする一定の期間内に債権を申し出るべき旨の官報公告及び知れている債権者への各別の催告
清算会社は、清算の開始原因が生じた後、遅滞なく、清算会社の債権者に対し、一定の期間内（２カ月を下ることができない）にその債権を申し出るべき旨を官報公告し、かつ、知れている債権者には、各別にこれを催告しなければならないとされています（会社法４９９条１項）。なお、公告には、当該債権者が当該期間内に申出をしないときは清算から除斥される旨を付記しなければならないとされています（同条２項）。
（３）官報公告後一定の期間経過後の債務の弁済
清算会社は、債権申出の債権期間内は、債務の弁済をすることが出来ないとされています（会社法５００条１項）。
なお、清算会社は、上記期間内であっても、裁判所の許可を得て、少額の債権、担保権によって担保される債権等については弁済をすることができるとされています（会社法５００条２項）。
（４）清算人による残余財産の分配
清算会社は、当該清算会社の債務を弁済した後でなければ、その財産を株主に分配することは出来ないとされています（会社法５０２条）。そして、清算会社は、残余財産の分配をしようとするときは、清算人の決定により①残余財産の種類、及び②株主に対する残余財産の割当てに関する事項を定めなければならないとされています（同法５０４条１項）。なお、②に掲げる事項の定めは、株主の有する株式の数に応じて残余財産を割り当てることを内容とするものでなければならないとされています（同条３項）。
（５）決算報告書の作成及び株主総会における承認
清算会社は、清算事務が終了したときは、遅滞なく、法務省令（会社法施行規則１５０条）で定めるところにより、決算報告を作成し、株主総会の承認を受けなければならないとされています（会社法５０７条１項・３項）。
清算事務が終了し、株主総会の決算報告の承認によって清算は結了します。清算が結了したときは、株主総会における決算報告の日から、本店所在地においては２週間以内に、清算結了の登記を行います。
